جلب المسلمون العرب الإسلام إلى هيرات وزارانج في عام 642 م وبدأوا في الانتشار شرقا. بعض السكان المحليين الذين واجهوهم قبلوا ذلك بينما ثار آخرون. كانت الأرض معروفة بشكل جماعي من قبل العرب على أنها الهند بسبب ارتباطها الثقافي مع الهند الكبرى. قبل ظهور الإسلام ، كان معظم الناس في المنطقة من البوذيين والزرادشتيين ، ولكن كان هناك أيضًا عبدة النانا واليهود وآخرون.
تم فتح زونبيل و كابول شاهى لأول مرة في 870 م ، وسعت الدولة السامانية نفوذها الإسلامي جنوب الهندو كوش. كان المسلمين وغير المسلمين لا يزالون يعيشون جنباً إلى جنب في كابول قبل وصول الغزنويين إلى السلطة في القرن العاشر.
بحلول القرن الحادي عشر ، هزم محمود غزني الحكام الهندوس المتبقين وقام بادخال الاسلام للمنطقة بشكل عام ، باستثناء كافيرستان. فأصبحت أفغانستان واحدة من المراكز الرئيسية في العالم الإسلامي خلال العصر الذهبي الإسلامي. ثم أسقطت أسرة الغزنوي من قبل الغوريين ، الذين وسعوا وطوروا الإمبراطورية الإسلامية القوية بالفعل.
في عام 1219 ميلادي اجتاح جنكيز خان وجيشه المغولي المنطقة. ويقال إن قواته قد أبادت مدينتا هرات وبلخ وكذلك باميان. أجبر الدمار الذي أحدثه المغول العديد من السكان المحليين على العودة إلى مجتمع ريفي زراعي. استمر الحكم المغولي مع الدولة الإيلخانية في الشمال الغربي بينما كانت الدولة الخلجية تدير المناطق القبلية الأفغانية جنوب هندوكوش حتى غزو تيمور ، الذي أسس الإمبراطورية التيمورية في عام 1370.
في أوائل القرن السادس عشر وصل ظهير الدين بابر من فرغانة وأستولى على كابول من سلالة أرجون. وفي عام 1526غزا دلهي في الهند ليحل محل اللودهيون مع الإمبراطورية المغولية. ثم بين القرنين السادس عشر والثامن عشر حكم خانات بخارى والصفويون والمغول أجزاء من الإقليم.
قبل القرن التاسع عشر تمت الإشارة إلى المنطقة الشمالية الغربية من أفغانستان بالاسم الإقليمي خراسان. توجد الآن عاصمتان من الأربع عواصم لخراسان وهما (هرات وبلخ) في أفغانستان ، في حين شكلت مناطق قندهار وزابولستان وغازني وكابولستان وأفغانستان الحدود بين خراسان وهيندستان.