يشير التنقيب الأثري الذي تم إجراؤه في القرن العشرين إلى أن المنطقة الجغرافية لأفغانستان مرتبطة ارتباطًا وثيقًا بالثقافة والتجارة مع جيرانها إلى الشرق والغرب والشمال. حيث تم العثور على تحف من العصور القديمة والعصر الحجري الوسيط والعصر الحجري الحديث ، والعصر البرونزي وعصر الحديد في أفغانستان. ويعتقد أن الحضارة بدأت منذ عام 3000 قبل الميلاد ، وربما كانت مدينة مونديجاك (بالقرب من قندهار في جنوب البلاد) في وقت مبكر مستعمرة لحضارة وادي السند المجاور. لقد أوضحت النتائج الأكثر حداثة أن حضارة وادي السند امتدت إلى أفغانستان الحديثة ، مما جعل الحضارة القديمة اليوم جزءًا من باكستان وأفغانستان والهند. تم العثور على موقع وادي السند على نهر أوكسوس في شورتوجاي في شمال أفغانستان.
بعد عام 2000 قبل الميلاد ، بدأت موجات متتالية من الأشخاص شبه الرحل من آسيا الوسطى بالانتقال جنوباً إلى أفغانستان ؛ وكان من بينهم العديد من الناطقين بالهندو-أوروبي. هاجرت هذه القبائل لاحقاً إلى جنوب آسيا ، وغرب آسيا ، ونحو أوروبا عبر المنطقة الواقعة شمال بحر قزوين. المنطقة في ذلك الوقت كان يشار إليها باسم أريانا.
يعتقد البعض أن الديانة الزرادشتية قد نشأت في أفغانستان ما بين 1800 و 800 قبل الميلاد ، حيث يعتقد أن مؤسسها زرادشت عاش ومات في بلخ. قد تكون اللغات الشرقية الإيرانية القديمة تحدثت في المنطقة في وقت صعود الزرادشتية. بحلول منتصف القرن السادس قبل الميلاد ، أطاح الأخمينيون بالميديين ودمجوا أراكوشيا وأريا وبكتريا ضمن حدودها الشرقية. وتذكر الكتابة على قبر داريوس الأول في بلاد فارس وادي كابول في قائمة من 29 دولة قام باحتلالها.
وصل الإسكندر الأكبر وقواته المقدونية إلى أفغانستان عام 330 قبل الميلاد بعد هزيمة داريوس الثالث ملك بلاد فارس قبل عام في معركة غوغاميلا. بعد الاحتلال القصير للإلكسندر ، سيطرت الدولة الخليفة للإمبراطورية السلوقية على المنطقة حتى عام 305 قبل الميلاد ، عندما أعطت الكثير من الإمبراطورية إلى ماوريا كجزء من معاهدة التحالف. سيطر الموريون على المنطقة الواقعة جنوب هندوكوش حتى تم إسقاطهم في حوالي 185 قبل الميلاد. بدأ تراجعهم بعد 60 سنة من انتهاء حكم أشوكا ، مما أدى إلى الغزو اليونانى من قبل اليونانيين – البكتيريين. سرعان ما انفصل الكثير منهم عنهم وأصبحوا جزءًا من المملكة الهندية اليونانية. تم هزيمتهم وطردهم من قبل السكيثيين الهنود في أواخر القرن الثاني قبل الميلاد.
خلال القرن الأول قبل الميلاد ، أخضعت الإمبراطورية البارثية المنطقة ، لكنها خسرتها لصالح الهندية البارثية.
في منتصف القرن الأول الميلادي أصبحت إمبراطورية كوشان الشاسعة المتمركزة في أفغانستان رعاة عظيمين للثقافة البوذية ، مما جعل البوذية تزدهر في جميع أنحاء المنطقة. تم الإطاحة بالكوشان من قبل الساسانيين في القرن الثالث الميلادي ، على الرغم من أن الهنود الساسانيين استمروا في السيطرة على أجزاء من المنطقة على الأقل. وتبعهم الكيدارايت الذين بدورهم استبدلوهم بالهيبتاليت . بحلول القرن السادس الميلادي أسس خلفاء الكوشان والهيبتاليت سلالة صغيرة تسمى كابول شاهي. ظلت تهيمن على الكثير من المناطق الشمالية الشرقية والجنوبية من البلاد والتى سيطرت عليها الثقافة البوذية.